No, no da lo mismo.

Cuando el agua entra por el tubo pvc hasta el fondo del prefiltro y vuelve a subir de abajo hacia arriba, te aseguras de que el agua pasa por toda la superficie del perlón al mismo tiempo, quedando las partículas retenidas en el perlón en toda su superficie.
Si lo colocas al revés, es decir, el agua baja por un lateral y después sube limpia por el tubo pvc hacia el exterior, las impurezas quedan retenidas mayormente por el lateral de bajada del agua, saturándose antes esa zona que la del lado contrario.
En la tapa del prefiltro en un lado pone
IN y en el otro
OUT, es decir entrada y salida respectivamente, pues eso hay que cambiarlo, por donde pone IN lo ponemos de salida de agua y donde pone OUT lo ponemos de entrada. ;D