Me temo que 12h en seco es suficiente para matar la colonia bacteriana, pero no está todo perdido, si tienes perlón usado en el filtro y el acuario ya maduro va a ir todo más rápido...lo único ir controlando los valores de nitritos a ver como evoluciona.
Si quieres tengo una malla de eheim substrat pro funcionando en un acuario vacío que te puedo prestar mientras se coloniza tu arlita.