He pasado por el mismo problema en tres de mis acuarios últimamente, 2 de 30 litros y en el de 200, puedo decir que asta ahora para mi es la peor alga de erradicar, losnde 30 están reseteados porque dan poco trabajo y además ya les tocaba un cambio, el 200 lo tengo casi recuperado, lo que tienes que hacer es eliminar los silicatos del agua, si hay diatomeas hay silicatos (estas forman su caparazón de silicio), yo lo conseguí a base de limpiar las plantas sifonado de los restos (ya que si no los eliminas, serán fuente de silicatos para las siguientes algas), use una resina que elimina los silicatos (ojo, también elimina fosfatos), con eso y mucha paciencia esta casi recuperado, mide silicatos del grifo, por si es la razón del problema, sobre el sustrato no creo que tenga nada que ver. Espero haberte ayudado. Saludos