Buenas!!
Bueno a ver, yo te comento segun mi experiencia personal, y ya despues sacas conclusiones.
Yo no te recomendaria en ningun caso desconectar el CO2, eso supone cambios muy mmuy bruscos, tanto en el PH como en el ciclo de las plantas, por la noche el co2 no es inutil, todo lo contrario, es igual de importante que en el dia, ponte que estas hablando de plantas en sumergido, no en emergido.
Lo que si que es aconsejable, ppara no cargar demasiado el agua, es que tengas una fuente de oxigenacion (aireador, filtro de cascada que hace que oxigene al caer...) para que los peces no tengan el tipico colocon por co2, pero ya te digo, no es para nada problematico, puesto que los peces siempre van a disponer de oxigeno y las plantas de Co2.
Ademas, el estar constantemente conectando y desconectando el CO2, puede hacer que sufra algun desajuste o que tengas un mayor consumo del mismo.
Yo te recomendaria poner un flujo mas lento de CO2, que vaya mas despacio por la noche, asi no tendras problemas.