Yo creo que es porque el carbón lo que hace es retener pequeñas partículas que los materiales filtrantes que tenemos en el filtro no pueden atrapar, además de sustancias tóxicas, como pueden ser los gases que se producen por una mala circulación. Hay quien tiene permanentemente carbón activo en el acuario para asegurarse un agua cristalina.
La buena explicación se la dejo a Ramón, que seguro que te explica todo mejor. Si es que tiene tiempo, que conociendo lo burriño que es seguro que anda haciendo sesiones maratonianas para terminar el blog.