Hola
Yo no veo problema, aunque reconozco que hablo sin tener experiencia con controladores (soy un cutre y no tengo).
Las plantas tardan un par de horas en activar totalemnte su maquinaria fotosintética, así que las primeras horas del fotoperiodo lo que hacen es ir consumiendo gradualmente el CO2 de la respiración de los peces y las bacterias del filtro que se ha ido acumulando durante la noche. Cuando ya lo han consumido, sube el pH y se pone en marcha la inyección de CO2.
Otra cosa es que, por el motivo que quieras, desees inyectar más CO2. Entonces deberías poner el límite de pH a 6,8, por ejemplo, y así inyectarías más cantidad. Seguro que ya lo sabes, pero te recuerdo que los cambios de pH están influidos también por la capacidad tamponadora del agua que tengas (el KH, vamos).