Yo te puedo decir las dos cosas que hago.
1 - Con el cambio de agua, goma de aireador a la que en un extremo le pongo una pipeta cortada de manera que hace una especie de embudo, y en el caso de sifonar donde tenga crías, le pongo un trocito de esponja o perlón.
(http://www.frechillasl.es/html/6356_LUIS_FRECHILLA_S_L/img/prod_153568_Pipeta-Pasteur.jpg)
2 - Limpiando solo un poco, utilizo un bote de laboratorio que se usa para limpiar frascos, al tener un plástico blando es suficiente apretar para sacar el aire y aspirar cuando lo tienes en el fondo.
(http://shop.gabsystem.com/data/productos/z_6018014_Frasco%20lavador.jpg)