Yo te puedo decir las dos cosas que hago.
1 - Con el cambio de agua, goma de aireador a la que en un extremo le pongo una pipeta cortada de manera que hace una especie de embudo, y en el caso de sifonar donde tenga crías, le pongo un trocito de esponja o perlón.
2 - Limpiando solo un poco, utilizo un bote de laboratorio que se usa para limpiar frascos, al tener un plástico blando es suficiente apretar para sacar el aire y aspirar cuando lo tienes en el fondo.