No he notado diferencia alguna... Dependiendo del tipo de acuario (Rapidez de los peces, la presencia de alevines, etc...) siempre he optado por apagarlo mientras que en acuarios de peces rápidos no me molesté. Solo he encontrado algunas pegas:
Acordarse de encenderlo cuanto antes (Por aquello de mantener estable la población bacteriana)
En filtros viejos o baratos, a veces el estator se detiene quedando fuera de fase y luego no arranca a menos que demos un golpe o peor aún, giremos la hélice un poco. Se han tirado muchos filtros a los que les quedaba vida útil por ese motivo.
Si no lo haces siempre, dependiendo del tipo de filtro y lo curioso que seas con el mantenimiento, al detener el caudal las rejillas pueden dejar caer suciedad al fondo. Si lo haces a diario todo acaba en su sitio.
En mi experiencia personal, no afecta a la vida del filtro para nada.
Es una opi...